經安徽省科學技術廳批準，1999年12月成立了省部共建“高性能計算與應用”重點實驗室，2006年4月通過安徽省科學技術廳的驗收，更名為高性能計算安徽省重點實驗室。該實驗室依托於中國科學技術大學和國家高性能計算中心（合肥），總體目標是：成為安徽省建立高性能計算的教育、研究與開發基地，承擔國家和省部級的科學、工程及環境科學等領域大規模計算的研究與開發項目，為安徽省國民經濟建設、教育和科研提供高性能計算服務，推廣國產大規模並行機的應用，努力增強我國高性能計算研究實力、趕超國際先進水平。
重點實驗室已經形成了知識、年齡結構合理、由26人組成的高水平研究隊伍，有中國科學院院士1名、教育部長江講座教授1人、中國科學院人才計劃獲得者1人、國家基金委優青1人、11名教授、2名高級工程師和10名副教授。現有博士研究生32人、碩士研究生105人。近年來，由本實驗室牽頭聯合了中科大理學院和工程科學學院等交叉學科，成功申請到“計算科學及其應用”111引智計劃項目和“大規模科學工程計算”教育部創新團隊項目，並成為“高性能計算”2011協同創新中心成員單位。這些項目融合了校內外有關高性能計算研究隊伍，並與國外一流科學家（Benjamin W. Wah、Bernardo Cockburn、Yi Shang等）展開合作研究和交流。在國際、國內相關領域的頂級雜誌與會議上共發表了高質量論文1000餘篇，與華為、38所、PingCAP等多家單位展開了密切合作。
實驗室的優勢體現在一體化的研究方法、多學科交叉上，在並行計算理論基礎、硬件平台、軟件支撐和應用各環節都取得顯著成果。我們提出了並行計算“結構—算法—編程—應用”一體化的研究方法，以應用引領、多學科交叉研究高性能計算，建立我國高性能計算研究基地，研製和推廣國產並行機的應用。實驗室就”基於移動社交網絡的路由算法及群智感知機製研究”的工作申報了2019年度安徽省科學技術獎，經答辯評審獲自然科學二等獎。2018年2月實驗室獨立完成的項目“無線自組織網絡路由算法與性能優化的研究”獲2017年度安徽省科學技術獎二等獎(自然科學)。自行研製的國產高性能計算機KD50、KD60、KD90已經在中國電子集團公司第38研究所以及安徽省科力公司得到應用；“‘並行計算’”課程的創建及其輻射與示範作用”獲得了2009年度國家教學成果二等獎，在全國多地舉辦並行計算講習班，提升了實驗室的影響力；與淮河水利委員會、河海大學共同研製的“淮河防洪體係聯合調度關鍵技術研究及應用”獲得了水利部大禹科學技術獎勵委員會頒發的大禹科學技術獎一等獎。
